La historia está ambientada en el mismo universo que el original Génesis de Aquarion , y tiene lugar doce mil años después. Los protagonistas viven en un planeta llamado Vega, mientras que la mayoría de los antagonistas se originan a partir de su "planeta hermano", Altair. El personaje principal, Amata Sora, un joven que ha mantenido su capacidad de volar un secreto desde su juventud, conoce a una chica llamada Mikono Suzushiro, y se convierten en amigos rápidamente. Sin embargo, los invasores de Altair comenzar ataques a gran escala contra Vega, obligando a Amata y Mikono en una larga batalla por el planeta como miembros de una organización llamada Neo-DEAVA. Allí, junto con otros jóvenes, hombres y mujeres llamados elementos que también poseen poderes especiales, son reclutados a los robots gigantes llamados Aquaria piloto en la defensa de la Vega.
Al igual que el original, los temas del amor, la comprensión mutua y el crecimiento individual desempeñan un papel importante en la historia, aunque de maneras diferentes. Por ejemplo, la prohibición de romance se promulgó en los miembros de Neo-DEAVA para la duración de la serie. Los personajes principales son de nuevo las reencarnaciones de los seres míticos descritos en Aquarion , y gran parte de la segunda mitad de la serie trabaja para establecer conexiones con el predecesor de la serie.
